Buongiorno Roberto e nexiane, Roberto Resoli <roberto@resolutions.it> writes:
Il 11/11/20 11:01, Giovanni Biscuolo ha scritto:
[...]
...e sì, anche i geni devono fare i conti con la triste realtà del mercato.
... e della politica, se è vero che il blocco nell'approvvigionamento di Echo 525 è davvero uno degli ultimi lasciti di Trump.
Sì sì, lo stato del mercato è *sempre* frutto della politica... ma non andiamo OT ;-)
Ad ogni modo in calce alla pagina relativa:
https://www.beckman.it/liquid-handlers/echo-525
Nella sezione "Echo 525 Liquid Handler Resources"
si trova questo articolo tutto dedicato all'esperienza di Crisanti:
https://www.beckman.it/resources/product-applications/biologics/qpcr/case-st...
denso di dettagli.
Grandioso! Questo DEVE essere salvato anche nella Wayback machine: come non c'è?!? ...fatto! :-) Il mio pensiero va a quei giovani assistenti immortalati nella foto in fondo all'articolo, che *immagino* abbiano dato il loro contributo a mettere a punto quel processo: grazie ragazzi! Capisco quasi niente dei dettagli tecnici degli esami di laboratorio, ma questo è mediamente comprensibile: --8<---------------cut here---------------start------------->8--- Highlights In Professor Crisanti’s laboratory, the standard method used prior to having an Echo 525 Liquid Handler consisted of using a tip-based liquid handler and a 96-well plate on a 7900HT Fast Real-Time PCR System. The Echo 525 Liquid Handler was added to the lab to better streamline setup of the RT-qPCR reactions post extraction using a 384-well plate on a QuantStudio 5 Real-Time PCR. Advantages of the Echo-enabled workflow in the lab include: * Reduced hands-on-time: 75% faster on the Echo (from 8 hours down to 2 hours) * Decreased reagent cost: 80% savings (25 µL RT-qPCR down to 5 µL) * Faster turnaround time: 92% faster time for reagent dispense for RT-qPCR (from 3 hours to 15 minutes) * Decrease in plastic tip consumption: Adding to sustainability and avoiding tip supply chain issues * Low maintenance: No requirement for users to perform liquid calibration or time-consuming maintenance * Easy to use: The Echo platform and software are easy to use and operate. * Fewer thermocyclers needed: By moving from 96- to 384-well plates, fewer thermocyclers were needed, which is also important due to high demand for 96-well thermocyclers during the pandemic --8<---------------cut here---------------end--------------->8--- Ma *soprattutto* mi da l'idea che l'articolo contenga abbastanza informazioni affinché questo processo sia riproducibile e _quindi_ sottoponibile a ulteriori indagini scientifiche... e non capisco perché non sia stato fatto, maledizione. Poi, alla fine, avrebbero probabilmente dovuto accantonare il progetto perché le macchine non sono reperibili (urca?!?), ma la differenza sta esattamente nel saper spiegare *perché*... e magari adottare misure per cominciare ad affrancarsi da _certe_ dipendenze.
Roberto Resoli <roberto@resolutions.it> writes:
Il 10/11/20 10:00, Giovanni Biscuolo ha scritto:
[...]
Grazie alle tue info (sostanzialmente alla marca e nome della macchina) ho trovato anche questo articolo «Introvabile super macchina Veneto per tamponi, "bloccata da Trump"» del 2020-05-11: https://www.adnkronos.com/fatti/cronaca/2020/05/11/introvabile-super-macchin...
Ah, molto interessante! Tra l'altro Luciano Flor è ben noto qui in Trentino (è trentino lui stesso) in quanto ex direttore della locale azienda sanitaria (APSS).
"Con estrattori in grado di star dietro alla macchina si può realisticamente arrivare a circa 10-12 mila tamponi al giorno. In linea puramente teorica il massimo che si potrebbe toccare con questo passo avanti tecnologico è 25 mila tamponi in un tempo di 24 ore, ma questo dato non considera tutti i tempi tecnici necessari"."
Per fare un confronto in Trentino si processano attualmente 4.300 tamponi molecolari al giorno
L'articolo della Beckman che citi sopra parla di un incremento dai circa 1300 campioni/giorno a circa 5000 campioni/giorno: forse i numeri non tornano e servirebbe più chiarezza, ma tant'è. [...]
No, Crisanti *non* è affatto un hacker, altrimenti avrebbe scritto (o fatto scrivere ai suoi assistenti) come si costruisce un ciclo alternativo e indipendente di processazione dei tamponi e lo avrebbe condiviso apertamente coi suoi colleghi, discutendolo apertamente e affinandolo man mano che il confronto evolve (trovare macchine alternative?!?).
Questo avevo scritto io, ora tui hai fornito la risposta: in qualche modo (invero un po' nascosto forse) quel documento mi pare che ci sia ed è l'articolo che citi tu sopra, quindi c'è abbastanza materiale per chi a competenze per sviluppare la ricerca in merito. [...]
SE questo documento ci fosse allora Crisanti e il suo team meriterebbero di essere chiamati hacker... e io lo spererei TANTO!
Più che giusto. Crisanti non è nè infallibile nè un guru, ovviamente.
No infatti, ma gli hacker sono tutt'altro che infallibili o guru, sono "semplicemente" persone competenti che (ovviamente) meritano di essere coinvolte nella discussione nella comunità scientifica in merito *anche* al processo utilizzato. Da *spettatore* a me pare che invece che promuovere e rafforzare la collaborazione tra menti brillanti per risolvere i problemi nel miglior modo possibile, qui si stia (ancora!?!) gareggiano per stabilire chi è "di un certo livello" o meno, mentre le scelte vengono *pesantemente* condizionate da interessi di più o meno piccoli gruppi, interessi _contrapposti_ all'interesse generale. Sono vergognosamente ingenuo eh?!?
Sulla protezione dei dati personali ha posizioni sinceramente retrograde, e anche la proposta: "4-Incoraggiare l’adesione al sistema di tracciamento App immuni assicurando a tutti coloro che scaricano l’applicazione priorità di accesso ai tamponi;" credo sia assolutamente immorale (e chi non ha un telefono?) e non fattibile prima di tutto dal punto di vista giuridico.
Si hai perfettamente ragione, del «piano Crisanti» probabilmente si salva "solo" il processo di analisi dei tamponi "con la broda"... che però è solo accennato nel piano mentre nell'articolo *pare* ben illustrato. Da quello che ci è dato sapere non abbiamo la più pallida idea di come sia stato condiviso e analizzato questo processo alternativo. Forse, dico forse, l'etica hacker *e* la cultura informatica dovrebbero far parte del DNA di ogni ricercatore *e* un buon ricercatore essere valutato per queste attitudini... ma a me purtroppo non pare sia così.
Oppure i cittadini devono limitarsi ad assistere a dibattiti che assomigliano più a una partita di fantacalcio con due tifoserie contrapposte?!?
Tantissimo rumore, sì. Molto spesso viene voglia di tapparsi le orecchie.
Sì e con le orecchie tappate leggere qualcuna delle tante cose interessanti che - per fortuna - ancora si riescono a trovare via web o via email, come in questa lista :-D Grazie! Giovanni [...] -- Giovanni Biscuolo